Q. 2004年6月1日から使われている新しい雑誌JANコードは"491"から始まるコード体系になっていますが、この雑誌JANコードと雑誌以外の商品のJANコードとが重複することは無いのでしょうか？

元々、「491～」は日本の出版物を表すフラグとして規定されており、一般企業にメーカコードとして附番されることはありません。
従って、一般流通商品に「491～で始まるJAN-13桁アドオンなし」が存在することはありません。

JANコードについては、日本では（財）流通システム開発センター内の「流通コードセンター」が一元管理しています。

（財）流通システム開発センター：
http://www.dsri.jp/