Q. 輸入業者です。
将来的に中間業者を飛ばして直接取引をされないように、何らかの形(例えば、乱数などを使う)でJAN/EAN/UPCコードからメーカを特定できないようにすることは可能ですか？

可能です。
JANコードは、製造元だけでなく、販売元が独自につけることもできます。よって、簡単かつ唯一の方法として、御社でGS1事業者コードを取得し、独自のバーコードを貼付して出荷すれば、海外メーカーをJANコードから特定することはできなくなります。
GS1事業者コードは、GS1 JAPAN (財)流通システム開発センターで一元管理されていますので、詳しくはGS1 JAPAN (財)流通システム開発センターのホームページで各種コード登録・概要を参照ください。